Ok, also am Shader liegts nicht.
Die Joints sind Bones, diese sind mit dem Modell sozusagen verbunden worden.
Das bewirkt, daß das Verdeck ein einzelnes Mesh ist und trotzdem beweglich ist.
Wenn du nun die Joints verschiebst, dann kannst du das Verdeck zusammen falten.
Warum sich das ganze nun beim fahren bewegt, kann ich nun auch nicht sagen.
In der .xml ist aber nichts eingetragen worden?
Schau mal ob sich der Index vom Verdeck oder den Joints in der xml befindet.
Da könnte nämlich das Problem liegen.